По данным Financial Times, внедрение биометрической системы EES в странах Евросоюза привело к значительному увеличению очередей в крупных аэропортах. Время ожидания для пассажиров выросло вдвое.
Новая система требует от граждан стран, не входящих в ЕС, при первом въезде сдавать отпечатки пальцев, проходить фотографирование и предоставлять личные данные. Это замедляет процесс пограничного контроля и создает дополнительные неудобства для путешественников.